Ponieważ twoja aplikacja flask i obrazy Postgres nie znajdują się w tym samym kontenerze dockera, nie możesz uzyskać dostępu do bazy danych przez localhost !!
w adresie URL bazy danych zastąp localhost nazwa usługi Postgres w docker-compose/
engine = create_engine('postgresql://user:[email protected]{}:5432/database'.format('service_name_of_postgres'))