W podzapytaniu a prostym (nierekurencyjne) wersje CTE, prawdopodobnie są bardzo podobne. Będziesz musiał użyć profilera i rzeczywistego planu wykonania, aby wykryć wszelkie różnice, a to byłoby specyficzne dla twojej konfiguracji (więc nie możemy podać pełnej odpowiedzi).
W ogólnie; CTE może być używany rekurencyjnie; podzapytanie nie może. To sprawia, że są one szczególnie dobrze dopasowane do struktur drzewiastych.