Jak mogę zmienić ograniczenie klucza podstawowego za pomocą składni SQL?

Tak. Jedynym sposobem byłoby usunięcie ograniczenia za pomocą tabeli Alter, a następnie ponowne jej utworzenie.

ALTER TABLE <Table_Name>
DROP CONSTRAINT <constraint_name>

ALTER TABLE <Table_Name>
ADD CONSTRAINT <constraint_name> PRIMARY KEY (<Column1>,<Column2>)