Wydaje się, że sterownik RODBC uważa, że gdy SQL Server zwraca dowolną liczbę wierszy, oznacza to, że cała instrukcja jest kompletna. Musisz więc ustawić nocount on na początku wywoływanej instrukcji lub procedury składowanej.
set nocount on
To pozwoliło mi użyć procedury składowanej, która używała tabeli tymczasowej w R.