Masz rację, mylące jest to, że SQL Server pozwala tworzyć zduplikowane indeksy w tym samym polu (polach). Ale fakt, że możesz utworzyć inny, nie oznacza, że indeks PK już nie istnieje.
Dodatkowy indeks nie jest dobry, ale jedyną szkodą (bardzo małą) jest dodatkowy rozmiar pliku i narzut związany z tworzeniem wierszy.