Jeśli przeczytasz artykuł tutaj:https://dba.stackexchange.com/questions/692/sql-server-2008-cross-database-performance-on-same-physical-machine-and-server zdasz sobie sprawę, że nie będziesz mieć spadku wydajności, ponieważ optymalizator zapytań będzie tylko jeden. Różnica będzie tylko wtedy, gdy będziesz używać zapytań między instancjami. W takim przypadku zapytanie zostanie przeanalizowane przez oddzielne analizatory zapytań w obu instancjach.
Możliwe problemy, które mogą wystąpić w Twoim przypadku, są związane z zarządzaniem. Przeczytaj, jak zarządzać własnością między bazami danych tutaj:http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188676.aspx
