SQL Server FTS będzie łatwiejszy w zarządzaniu w przypadku małego wdrożenia. Ponieważ FTS jest zintegrowany z bazą danych, RDBMS automatycznie aktualizuje indeks. Wadą jest to, że nie masz oczywistego rozwiązania skalowania poza replikacją DB. Jeśli więc nie musisz skalować, SQL Server FTS jest prawdopodobnie „bezpieczniejszy”. Z politycznego punktu widzenia większość sklepów będzie bardziej komfortowa dzięki rozwiązaniu opartemu wyłącznie na SQL Server.
Po stronie Lucene wolałbym SOLR zamiast prostego Lucene. W przypadku obu rozwiązań musisz wykonać więcej pracy samodzielnie aktualizując indeks w przypadku zmiany danych, a także samodzielnie mapując dane do indeksu SOLR/Lucene. Zaletą jest to, że możesz łatwo skalować, dodając dodatkowe indeksy. Możesz uruchomić te indeksy na bardzo oszczędnych serwerach linuksowych, co eliminuje niektóre koszty licencji. Jeśli wybierzesz trasę Lucene/SOLR, chciałbym umieścić WSZYSTKIE potrzebne dane bezpośrednio w indeksie, zamiast umieszczać wskaźniki z powrotem do bazy danych w indeksie. Do indeksu można dołączyć dane, których nie można przeszukiwać, na przykład w indeksie można przechowywać gotowy kod HTML lub XML i wyświetlać go jako wynik wyszukiwania. Przy takim podejściu Twoja baza danych może być wyłączona, ale nadal możesz wyświetlać wyniki wyszukiwania w trybie rozłączonym.
Nigdy nie widziałem bezpośredniego porównania wydajności między SQL Server 2008 i Lucene, ale chciałbym je zobaczyć.