MERGE jest generalnie szybszy, ponieważ jest mniej operacji DML i jest to również zalecane podejście z dokumentacji. W „tradycyjny” sposób przetwarzasz tabele dwukrotnie – raz w celu sprawdzenia istnienia i raz w celu wykonania DML. Dzięki MERGE wszystko jest zamknięte w jednej operacji - stąd jeden zestaw nałożonych blokad, jeden zestaw logowania itp. itd.
Jednak to, co faktycznie robią twoje zapytania, jest dość subiektywne. Prawdopodobnie powinieneś przyjrzeć się Optymalizacja wydajności instrukcji MERGE na MSDN.