Oba REPLACE INTO i ON DUPLICATE KEY sugerowaną alternatywą są niestandardowe SQL z wariantu MySQL. Więc to, czy go użyjesz, zależy od a) tego, czy używasz MySQL i b) czy chcesz być przywiązany do tego wariantu.
ANSI SQL definiuje MERGE składnia, która jest bardziej standardowa, jeśli jest zaimplementowana na Twojej platformie