Nadal używałbym SqlBulkCopy aby szybko skopiować dane z pliku zewnętrznego do tabeli pomostowej który ma taką samą (płaską) strukturę jak plik (musisz wcześniej utworzyć tę tabelę)
Po załadowaniu możesz podzielić dane na wiele tabel, używając np. procedura składowana lub coś takiego - powinno być dość szybkie, ponieważ wszystko jest już na serwerze.
