CASE zwraca tylko wartość skalarną. Możesz to zrobić zamiast tego. (Zakładam, zgodnie z twoim przykładem, że gdy @StatusID =99, wartość StatusID wynosząca 99 nie jest zgodna.)
select *
from MyTable
where (@StatusID = 99 and StatusID in (5, 11, 13))
or (@StatusID <> 99 and StatusID = @StatusID)
