Jak uruchamiasz SQL?
Sam SQL nie ma limitu czasu, więc to, co opisujesz jako problem, nie jest możliwe.
Limit czasu jest zawsze obsługiwany na poziomie połączenia / aplikacji łączącej. SQL Server cieszy się, że wywołania SQL trwają godziny lub dni.
Tak więc, o ile nie zrobisz czegoś "śmiesznego" / nietypowego, zapytania w ramach SP nie wygasną - połączenie, które wywołuje procedurę, wygaśnie, a tym samym wycofa transakcję.