Spójrz na ten link za dobre wprowadzenie z próbkami.
Myślę, że szyfrowanie danych w aplikacji jest lepsze, ponieważ w takim przypadku przesyłane dane są już zaszyfrowane. W przeciwnym razie musisz użyć bezpiecznego kanału między aplikacją a serwerem bazy danych.
Powiedziałbym, że zależy to od Twoich potrzeb.