Z tego, co pokazałeś, zakładam, że masz 4 tabele z relacją jeden do wielu między Project and Phase , Phase and Folder i Folder and Document .
Twoja instrukcja SQL może być tak prosta, jak połączenie ich wszystkich razem
SELECT *
FROM Projects p
INNER JOIN Phases ph ON ph.ProjectID = p.ProjectID
INNER JOIN Folders f ON f.PhaseID = ph.PhaseID
INNER JOIN Documents d ON d.FolderID = f.FolderID
Naprawdę nie widzę potrzeby, aby było to trudniejsze niż trzeba, dorzucając CTE