Hmm bez wielu testów z mojej strony powiem, że możesz użyć $cmp
w tym celu:
http://docs.mongodb.org/manual/reference/aggregation/cmp/#_S_cmp
db.test.aggregate([
{$project: {
// All your other fields here
cmp_value: {$cmp: ['$a', '$b']}
}},
{$match: {cmp_value: {$gt: 0}}}
])
Może jest lepszy sposób, ale nie mam w pobliżu instalacji MongoDB do przetestowania.