Dana baza danych mongo jest rozbita na serię plików BSON na dysku, których rozmiar wzrasta do 2 GB. BSON to własny format, zbudowany specjalnie dla MongoDB.
Te slajdy powinny odpowiedzieć na wszystkie Twoje pytania:
http://www.slideshare.net/mdirolf/inside-mongodb-the-internals-of-an-opensource-database