Myślę, że to nie ma aż takiego znaczenia.
Jestem prawie pewien, że format ObjectId koduje liczbę szesnastkową, więc prawdopodobnie jest nieco bardziej wydajny z pamięcią i przepustowością. Zrobiłem to w obie strony. Tak długo, jak zdecydujesz, dla każdego pola, jak je zakodujesz, albo będzie działać dobrze.