Pliki .0, .1 to pliki danych. Każdy plik danych jest wstępnie przydzielany do określonego rozmiaru. (Ma to na celu między innymi zapobieganie fragmentacji systemu plików.) Pierwsza nazwa pliku bazy danych to .0, następnie .1 itd. .0 będzie 64 MB, .1 128 MB itd., do 2 GB. Gdy pliki osiągną rozmiar 2 GB, każdy kolejny plik ma również 2 GB. Informacje dotyczące plików danych można znaleźć tutaj:
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Excessive+Disk+Space
Pliki „.ns” to pliki przestrzeni nazw. Każda kolekcja i indeks będą liczone jako przestrzeń nazw. Każda przestrzeń nazw ma 628 bajtów, plik .ns ma domyślnie 16 MB.
Jeśli więc każda kolekcja ma jeden indeks, możemy stworzyć do 12 000 kolekcji. Parametr --nssize umożliwia zwiększenie tego limitu.
Maksymalny rozmiar pliku .ns to 2 GB.