Możesz użyć dowolnej z tych trzech bibliotek
- Flask-PyMongo - https://flask-pymongo.readthedocs.io/en/latest/
- Flask-MongoAlchemy — https://pythonhosted.org/Flask-MongoAlchemy/
- Flask-MongoEngine — http://docs.mongoengine.org/projects/flask-mongoengine/en/latest/
Osobiście używam kolby mongoengine i wszystko działa dobrze