Rozmiar pamięci wirtualnej a rozmiar rezydenta wydaje się być bardzo duży dla procesu mongod. To jest łagodne:przestrzeń pamięci wirtualnej będzie po prostu większa niż rozmiar otwieranych i mapowanych plików danych; rozmiar rezydentny będzie się różnić w zależności od ilości pamięci nieużywanej przez inne procesy na komputerze.
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Caching
Gdy usuniesz obiekt z kolekcji MongoDB, zajmowane przez niego miejsce nie jest automatycznie gromadzone, a nowe rekordy są dołączane tylko na końcu plików danych, dzięki czemu stają się coraz większe. To wszystko wyjaśnia:
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Excessive+Disk+Space
Na początek po prostu użyj:
db.repairDatabase()