MongoDB — Rozwiń tablicę za pomocą agregacji i usuń duplikaty

w tym celu możesz użyć $addToSet:

db.users.aggregate([
  { $unwind: '$data' },
  { $group: { _id: '$_id', data: { $addToSet: '$data' } } }
]);

Trudno jest udzielić bardziej szczegółowej odpowiedzi, nie widząc rzeczywistego zapytania.