Może powinieneś użyć "$set" w zapytaniu o aktualizację w ten sposób:
{$set: {"name": req.body.name}}, // Update
Więcej informacji w dokumentacji
EDYTUJ
Jeśli to nie działa, prawdopodobnie jest to spowodowane brakiem dopasowania do Twojego filtra.
Może powinieneś spróbować dopasować ObjectId w ten sposób:
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;
// In your request
{ "_id": ObjectID(req.body._id)}, // Filter
Mam nadzieję, że to pomoże.