Powinieneś dzwonić tylko do mongoose.connect raz, w kodzie startowym aplikacji. Spowoduje to utworzenie domyślnej puli połączeń dla Twojej aplikacji.
Twój model1.js i model2.js pliki tworzą swoje modele poprzez wywołania mongoose.model co wiąże je z domyślnym połączeniem.
Więc to jest właściwie obsługiwane przez Mongoose.
