Musisz zaimportować kodek DBRef, aby go wydrukować, jeśli chcesz go w stylu dokumentu json, musisz napisać własny kodek dla DBRef i dodać go do rejestru kodeków, który dajesz toJson().
np.
CodecRegistry codecRegistry = MongoClientSettings.getDefaultCodecRegistry();
-------
final DocumentCodec codec = new DocumentCodec(codecRegistry, new BsonTypeClassMap());
-------
System.out.println(document.toJson(codec));