Opcja „notablescan”, jak wspomniał @ghik, zapobiegnie uruchamianiu zapytań, które są powolne z powodu nieużywania indeksu. Jednak ta opcja jest globalna dla serwera i nie jest odpowiednia do użycia w środowisku produkcyjnym. Nie ochroni Cię również przed żadnym innym źródłem powolnych zapytań poza skanowaniem tabel.
Niestety, nie sądzę, że istnieje sposób, aby bezpośrednio zrobić to, co chcesz w tej chwili. Istnieje zgłoszenie JIRA proponujące dodanie parametru zapytania $maxTime lub $maxScan, co wydaje się pomocne, więc zagłosuj na to:https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-2212 .