Aplikacja Node/Express nie może połączyć się z docker mongodb

Musisz opublikować odpowiedni port w kontenerze za pomocą -p argument tj.:

docker run -p 27017:27017 -v "$(pwd)":/data --name mongo -d mongo mongod --smallfiles

Spowoduje to, że port 27017 będzie dostępny na hoście (w twoim przypadku na maszynie wirtualnej) i przekaże ruch do portu 27017 w kontenerze.