Sesje Connect-mongo nie są usuwane automatycznie

Nie ustawiłeś clear_interval dla twoich sesji .. domyślna wartość connect-mongo to -1 (lub "nigdy"):

Przykład usuwania wygasłych sesji co godzinę (3600 s):

var sessionStore = new MongoStore({
     db: 'myappsession',
     clear_interval: 3600
});

Powinieneś również upewnić się, że ustawiłeś maxAge na Twoich sesjach, aby faktycznie wygasły (np. za 1 dzień):

app.use(express.session({
    secret: "myappsecret",
    cookie: { maxAge: 24 * 60 * 60 * 1000 },
    store:sessionStore
}));