Tak - możesz bez przestojów zastosować wariację strategii użytej do tworzenia nowego indeksu w zestawie replik. Będzie to wymagało usunięcia ukrytego członka w trybie offline podczas tworzenia indeksów.
Oto link do strategii:http://docs.mongodb.org/manual/tutorial/build-indexes-on-replica-sets/#procedure
W twoim przypadku przeniesiesz ukrytego członka do trybu offline i zrestartujesz go w trybie autonomicznym (usuń opcję --replSet i użyj innego numeru portu). Po wyizolowaniu członka możesz dostosować indeksy (usunąć niepotrzebne i dodać nowe). Po zakończeniu tworzenia indeksów zrestartuj członka ze starym portem i opcją --replSet.
Ukryty członek zsynchronizuje się ponownie z zestawem replik i wszystko gotowe.
