Czy mogę łatwo zwrócić wszystkie pola poddokumentu jako pola w dokumencie najwyższego poziomu za pomocą struktury agregacji?

Możesz użyć $replaceRoot operator agregacji od 3.4:

db.getCollection('sample').aggregate([
    {
        $replaceRoot: {newRoot: "$field1"}
    }
])

Dostarcza dane wyjściowe zgodnie z oczekiwaniami:

{
    "subfield" : {},
    "subfield2" : [],
    "subfield3" : 44,
    "subfield5" : "xyz"
}