Mongo używa algorytmu, aby określić, który indeks ma zostać użyty, gdy nie podano podpowiedzi, a następnie buforuje indeks użyty do podobnego zapytania przez następne 1000 wywołań
Ale za każdym razem, gdy wyjaśnisz zapytanie mongo, zawsze uruchomi on algorytm wyboru indeksu, dlatego explain() z podpowiedzią zawsze zajmie mniej czasu w porównaniu z explain() bez podpowiedzi.
Na podobne pytanie odpowiedziano tutajZrozumienie mongo db explain