1. Tak, zgadza się.
2. Nie, lepiej dać mongodb jak najwięcej miejsca na dysku (jeśli mongodb może przydzielić więcej miejsca niż mniej fragmentacji dysku, to dodatkowe przydzielanie miejsca jest kosztowną operacją). Ale jeśli chcesz, możesz uruchomić db.repairDatabase() od powłoki mongodb do zmniejszenia rozmiaru bazy danych.
3. Tak, możesz uruchomić repairDatabase na działającej instancji mongodb (lepiej uruchamiać ją w godzinach szczytu)