Możesz użyć $expr
co pozwala na użycie wyrażeń agregujących w języku zapytań.
db.collection.find({ "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } })
lub z agregacją
db.collection.aggregate([
{ "$match": { "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } } }
])