W końcu zorientowałem się dzięki grupie google Mongoid. Szczegóły tutaj:https://groups.google.com/d/topic/ mongoid/T6XhqLtofTE/dyskusja
Jedna poprawka wkładki to:
collection = mr_collection.send(:documents).sort(sort).limit(limit).skip(skip).to_a
W nadchodzącej wersji mongoid, Mongoid::Contextual::MapReduce#documents zostanie zmieniona z prywatnej na publiczną, a .send(:documents) nie będą już potrzebne.