Nie sądzę, że jest to obecnie możliwe. Myślę, że najlepiej jest użyć pola uniform bez odwoływania się do indeksu elementu. Wszystkie wartości z tablicy zostaną następnie zapisane w pliku csv i można je poprawnie sformatować po eksporcie.
mongoexport --db paul --collection team --type=csv --fields _id,official_name,common_name,country,championship,uniform --out "C:\path\to\outputFile\output.csv"