Musisz podać pobrane pola jako drugi parametr metody findOne
BasicDBObject retrievedField = new BasicDBObject();
retrievedField.put("_id",0);
dbcoll.findOne(query, retrievedField);
Również jeśli chcesz pobrać dokładnie to zapytanie, które pokazałeś, myślę, że musisz dołączyć obiekt elemMatch do retrievedFields zamiast dodawać go do queryObject.
BasicDBObject eleMatch = new BasicDBObject();
eleMatch.put("cityName","A");
BasicDBObject up = new BasicDBObject();
up.put("$elemMatch",eleMatch);
retrievedField.append(up);
BasicDBObject query = new BasicDBObject();
query.put("name","abc");
DBCollection dbcoll = mongoTemplate.getCollection("sample");
DBObject object = dbcoll.findOne(query, retrievedField);