Nie ma ograniczeń co do tego, jak duża może być kolekcja w MongoDB (w zestawie replik lub klastrze podzielonym na fragmenty). Myślę, że mylisz to z maksymalnym rozmiarem kolekcji, po osiągnięciu którego nie można go podzielić.
Dokumenty MongoDB:ograniczenia operacyjne fragmentowania
W przypadku ilości danych, które planujesz mieć, sensowne byłoby od samego początku korzystanie z klastra podzielonego na fragmenty.
