Używając natywnego sterownika mogę uruchomić polecenie z obiektu db w następujący sposób:
var MongoClient = require("mongodb").MongoClient;
MongoClient.connect(database, function (err, db) {
if (!err) {
db.command({ distinct: "Messages", key: "session" }, function (err, result) {
//more code here
});
}
});
Zauważyłem, że uruchamiasz polecenie poza obiektem kolekcji, to może być problem.