Rzeczywiście mogę to odtworzyć. Używanie unikalnego indeksu dla 2dsphere
nie jest czymś, co moim zdaniem powinno być wspierane. Rozdzielczość indeksu nie jest wystarczająco wysoka, aby zobaczyć, że twoje dwa punkty nie są takie same. Nasza implementacja indeksu S2 wykorzystuje tylko „komórki” o boku co najmniej 500 m, a punkty są oddalone od siebie o około 65 metrów.
Jest fascynująca prezentacja na https://docs .google.com/presentation/d/1Hl4KapfAENAOf4gv-pSngKwvS_jwNVHRPZTTDzXXn6Q/view#slide=id.i0 to wyjaśnia, jak działa indeks.
Na razie jednak nie sądzę, że istnieje rozwiązanie twojego problemu, ale przeprowadzę dalsze dochodzenie.