Właśnie napotkałem podobny problem w moim kodzie. W moim przypadku miałem do czynienia z obiektem w moim dokumencie użytkownika. Musiałem uruchomić user.markModified('object') przed user.save() aby upewnić się, że zmiany zostały zapisane w bazie danych.Moja teoria biegania jest taka, że Mongoose nie śledził elementów nieustawionych ani usuwanych z bazy danych automatycznie
