mangusta strącająca usuwa puste elementy

JSON.stringify zwykle nie usuwa pustych obiektów, więc jest to specyficzne dla mangusty.

Polecam wypróbowanie .toObject() lub .toJSON()

http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toObject

Ten zostanie wywołany podczas .stringify, więc prawdopodobnie to właśnie wycina puste obiekty.http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toJSON

Spróbuj więc najpierw:

JSON.stringify(obj.toObject());