Nie ma na to jasnej odpowiedzi, ponieważ robisz coś bardzo ciężkiego, ale dostępne jest obejście tego problemu
ulimit to polecenie w systemie unix/linux, które pozwala ustawić limity systemowe dla wszystkich właściwości.
w twoim przypadku musisz zwiększyć max. nie. otwartych plików liczy się lub jest nieograniczona po bezpieczniejszej stronie (jest to również zalecane przez MongoDB)
ulimit -n <large value in your case 1000000>
or
sysctl -w fs.file-max=1000000
and
/etc/security/limits.conf or /etc/sysctl.conf:
change
fs.file-max = 1000000
