Natywne typy Javy (int , float , String , Date , Map, itp) zostaną automatycznie zakodowane do właściwego typu BSON, więc możesz użyć BasicDBObject umieścić Map prosto do kolekcji mongo:
// you probably want to be more specific with your generics than Object!
Map<Object,Object> map = new HashMap<Object,Object>();
map.put("1", "Department A");
map.put("2", "Department B");
collection.insert(new BasicDBObject(map));
Wygląda jednak na to, że Twoja Map w rzeczywistości nie ma struktury, którą chcesz, więc potrzebujesz pewnego rodzaju mapowania do pożądanej struktury. Użyj podstawowego mapowania wbudowanego w sterownik java (jesteś na dobrej drodze, wywołując BasicDBObject.put i tutaj
jest więcej pomysłów) lub użyj czegoś takiego jak Morphia do rozszerzonego mapowania.