Jeśli zajrzysz do kodu źródłowego pymongo , przekonasz się, że update funkcja nie otrzyma żadnego parametru o arrayFilters , więc musisz użyć update_one , który zaakceptowałby opcjonalny parametr o nazwie array_filters :
db.dept.update_one(
{"emps._id" : {"$gte" : 1111, "$lte" : 1114}},
{"$inc" : {"emps.$[idx].salary" : 20000}},
upsert=True,
array_filters=[{"idx._id" : {"$gte" : 1111, "$lte" : 1114}}]
)