Umieść $sort przed $group, w przeciwnym razie MongoDB nie będzie mógł użyć indeksu do sortowania.
Jednak w zapytaniu wygląda na to, że chcesz zapytać o stosunkowo niewielką liczbę identyfikatorów user_id w porównaniu z całkowitym rozmiarem kolekcji group_members. Więc polecam indeks tylko na user_id. W takim przypadku MongoDB będzie musiał posortować wyniki w pamięci według last_post_at, ale jest to opłacalne w zamian za użycie indeksu do początkowego wyszukiwania według user_id.