Spring Data MongoDB eliminuje POJO

Nie sądzę, że możesz to zrobić bez pojo, gdy używasz spring-data. Przynajmniej możesz to zrobić

public interface NoPojoRepository extends MongoRepository<DummyPojo, String> {
}

i stwórz atrapę pojo z samym identyfikatorem i mapą.

@Data
public class DummyPojo {
  @Id
  private String id;
  private Map<String, Object> value;
}

Ponieważ to pole wartości jest mapą, możesz przechowywać prawie wszystko.