Użyj agregacji w mongodb, aby wykonać aktualizację po dopasowaniu zapytania

Nadal nie masz 100% pewności, czego próbujesz, ale spowoduje to utworzenie dokumentu wynikowego o długości 1 z odrębnymi wartościami dla wszystkich dopasowań brand_ids.

Następnie w rezultacie przejdzie przez wszystkie marki i usunie je z tablicy brand_ids.

couponmodel.aggregate(
    { $match: { "brand_id": { $in: brand_ids } } },
    { $group: { _id: null, brands: { $addToSet: "$brand_id" } } },
    function(err, doc) {
        doc.brands.forEach(function(brand) {
            var idx = array.indexOf(brand);
            if (idx > -1) {
                brand_ids.splice(idx, 1);    
            }
        });
    }
)