Nie musisz modyfikować polecenia mongo, ponieważ spowoduje to problemy z kontenerem mongodb. Definiując command zastąpisz oryginalny CMD
który miał działać. skrypt zostanie wykonany automatycznie, o ile zamontowałeś go w /docker-entrypoint-initdb.d/ jak wyjaśniono w tutaj
Zwróć uwagę, że skrypty będą wykonywane tylko raz na początku Twojego kontenera i aby ponownie wykonać je, musisz usunąć /data/db objętość, która jest powiązana z Twoim kontenerem