safe=true
nie jest specyfikacją indeksu.
W poprzednich wersjach MongoDB, niższych niż 3.4, można było dodać dodatkowe specyfikacje indeksów. Były one używane przez określonych kierowców.
W wersji 3.4 mongodb dodał walidację specyfikacji indeksów:
Dlatego masz ten błąd. Obawiam się, że musisz upewnić się, że indeks w twojej wersji 3.2 nie ma nieprawidłowych specyfikacji indeksu, a następnie wykonaj mongodump.
Jak mówi kz_sergey w swojej odpowiedzi, możesz mongorestore
przy użyciu --noIndexRestore
, to powinno działać poprawnie.