Mongoose domyślnie próbuje ustawić ObjectId. Możesz to pominąć w następujący sposób:
var categorySchema = mongoose.Schema({
_id: String,
ancestors: [{type: String }],
parent: {type: String}
},{ _id: false });
var Category = mongoose.model( "Category", categorySchema );
I zauważając, że istnieje tylko jeden schemat dla twojego układu.