Ponownie, nie wiem, jak będzie działać Twój HashMultiMap, ale w MongoDB zasadniczo przechowujesz obiekty w JSON (technicznie rzecz biorąc, ulepszony binarny JSON).
Twój dokument może więc wyglądać tak:
{
key1: [value1, value2, value3, ...],
key2: [value1, value2, value3, ...],
...
}
Jeśli to ci się uda - świetnie.